
A região foi inicialmente habitada por índios nativos cujo nome Macamamus .Camamu era o nome da aldeia dos índios. Em 1560 os jesuítas estabeleceram uma missão, cujo ano depois , após a conclusão da capela, foi convertido em uma paróquia com o nome de “Aldeia de Nossa Senhora da Assunção de Macamamu”. Em 22 de maio de 1693 a vila foi elevada à categoria de cidade com o nome de Camamu. E, finalmente, em 27 de Junho de 1891, tornou-se oficialmente uma cidade. . Camamu foi construída em dois níveis, seguindo a tradição Português, como em Lisboa e Salvador. Nas ruas tortuosas e estreitas da “cidade alta” são a igreja e as belas casas coloniais. A “cidade baixa” é onde o porto e o mercado estão localizados.
A cidade cresceu rica como a área tornou-se o maior produtor de mandioca no Brasil, e tornou-se o alvo de piratas e invasores, como os holandeses. A partir de 1624-1627 a cidade sofreu vários ataques dos holandeses. Para se proteger de novas incursões, os moradores bloquearam a passagem para o porto com pedras enormes, que os barcos são forçadamente a ziguezaguear no canal para chegar ao porto. As rochas permanecer no local até hoje.
Em 1782, por ordem da Coroa Português, o pioneiro João Gonçalves da Costa abriu a primeira estrada que liga Camamu com vilarejos do interior. Por causa de sua importância para a vida económica da província, tornou-se conhecido como o “Estrada das Nações” (“Road of Nations”).
Em 1961, município de Camamu foi subdividido com uma porção remanescente em Camamu e uma parte tornando-se o município de Ibirapitanga .